贮藏果蔬伴随呼吸过程发生的物质代谢主要包括以下3个方面：
（1）碳水化合物：碳水化合物是大多数果蔬的重要的营养物质，也是呼吸过程的重要的呼吸基质。以苹果为例，果蔬中的碳水化合物，属于多糖类的淀粉，不能直接用于呼吸，只有在淀粉酶的作用下，才能作为直接的呼吸基质。
糖代谢过程是在一系列转化酶的作用下进行的，先由已糖转化为丙酮酸，再经过三羧酸循环，后变成二氧化碳和水。在这一过程中，贮藏果蔬中的糖逐渐消耗、减少，特别是在果蔬的成熟期、呼吸高峰和衰老期，常常经历着极为显着的变化。因此，抑制碳水化合物的氧化、水解过程，就能够有效地延长果蔬的贮藏寿命和贮藏期。故果蔬中的淀粉和还原糖含量，以及其数量比例，可以作为判断贮藏效果的标志。
（2）有机酸：有机酸也是果蔬呼吸的重要基质。有机酸氧化的主要途径是三羧酸循环。贮藏过程中，由于呼吸作用的消耗，使有机酸的总量逐渐降低，由此引起果蔬糖酸比和食用风味的变化。因此，果蔬中有机酸的含量，也往往是判断贮藏保鲜效果的指标之一。
（3）果胶物质：贮藏果蔬中的果胶类物质，随着成熟的进展发生一系列的水解过程。首先，在原果胶酶的作用下，把不溶于水、与纤维素结合的原果胶，分解为溶于水、与纤维素分离的果胶，使果肉细胞结合松散，果肉变软。继之，在果胶酶的作用下，将果胶分解为果胶酸和甲醇，使果肉变绵或软烂。因此，一切能够抑制和延缓果胶类物质转化、分解的措施，都能收到保鲜、保脆的良好效果。
贮藏果蔬的能量代谢特点是：采收后进入贮藏期，由于果蔬本身的呼吸作用，在能量转化过程中，会释放一定数量的热量。通常情况下，以已糖为呼吸基质时，1分子的已糖氧化，能释放出2.8129千焦的热量。当果蔬贮藏量较大时，果蔬释放的热量多，会造成贮藏环境温度的显着上升，以及果蔬呼吸强度的进一步提高，进而导致果蔬加速衰老，贮藏寿命缩短。因此，在采取自然降温方法贮藏果品时，加强贮藏环境的通风换气，尽量利用夜间低温来降低库温和果温，以消除果蔬呼吸热的不利影响，就成为一项重要的贮藏管理措施。
